主として夏に主に幼小児に流行し、咽頭扁桃炎、結膜炎、発熱を三大症状とするアデノウイルス3型感染症である咽頭結膜熱は夏にプールを介して流行することでプール熱としてよく知られています。この3型感染でも胃腸症状が起ることはありますが、胃腸症状を起こしてくるアデノウイルス（Adenovirus）は40型・41型が主で、その他上気道炎が主症状である7型でも胃腸症状が出ることがあります。
冬から春先にかけては乳幼児に多く見られるロタウイルス感染症があります。人から人への経口感染があり得るためその予防も大切で、充分に手洗いを励行することが重要です。治療はアデノウイルス感染症同様対症療法で、脱水症の予防と治療が基本です。
カリシウイルス科に属する、ノルウォーク因子=ノロウイルス（食中毒型）サッポロウイルス=サポウイルス、アストロウイルスなど小型球形ウイルス（SRSV：32個のコップ状のくぼみを持つ正20面体のRNAウイルスでその形状からカリシウイルスとも呼ばれたが大きさからは小形球形ウイルスと呼ばれた）による感染でも発熱・嘔吐・下痢を起こします。乳幼児の胃腸炎ではロタウイルスに次いで多くみられ、大体通年でみられるますが11月から3月にかけて多くみられる傾向があります。全年齢層にみられ、年長児から成人の感染性胃腸炎の中では検出頻度のもっとも高いウイルスで、終生免疫を得ることはなく何度でも感染することがあります。汚染された食品や水、特に生カキが感染源となることが多いようですが、食品を介さず人から人への感染も主要感染経路となります。潜伏期は1-2日で発症するとウイルスは１週間は糞便中に排出され感染源となり得ます。このウイルスは食品中では増殖せず低温の環境ではむしろ長期間安定しているのが特徴です。重症化して入院に至ることもあるウイルス性腸炎ですが、夏場は上記の細菌性胃腸炎との鑑別が必要です。
腸管型アデノウイルス感染症同様、治療の基本は対症療法と脱水の治療（予防）です。制吐剤は症状に応じて使いますが、基本的には止瀉剤（下痢止め）は使わず（重症の場合は検討）整腸剤等で経過をみます。脱水に対しては補液（点滴）を行い、ある程度症状が改善したら経口で電解質の入った水分を補給するようにします。通常は2-3日で症状は改善します。
コクサッキーウイルスＡ・Ｂやエコーウイルスなどのエンテロウイルス群も胃腸症状を起こす原因ウイルスの一つで、症状や治療法等は他のウイルス性腸炎と同様です。コクサッキーウイルスA群（A16/A10）やエンテロウイルス71の感染で口腔粘膜や手足の末端に水疱性発疹の現れる疾患に手足口病がありますが、乳幼児を中心に初夏から秋にかけて多く見られ、嘔吐などの胃腸症状を起こしてくることもあります。
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